Говоря о силовой дорожке под энкодером... Какой должен быть там di/dt, что бы в ноге МК, подтянутой к плюсу питания, уровень упал на столько, что МК его распознает как "0"? Эта дорожка проходит между выходными электролитиками БП и электролитиками на этой плате. Без цифр, на уровне интуиции, с трудом представляю себе это место, как проблемное. Хотя, опыт покажет.
З.Ы. В другом проекте, где делал анализатор промышленной сети, при скачке тока, МК уходил в ребут. После анализа выяснилось, что помеха сочилась по питанию. Поняв корень проблемы, не составило труда от неё избавиться. Это к вопросу об опыте.